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En una excavación en el centro de Jerusalén, una arqueóloga de 30 años, Sharon Golban (Olivia Williams), hace un importante descubrimiento, el esqueleto de un hombre que ha sido crucificado y enterrado con un disco que le proclama Rey de los judios. Parece que es Jesús, pero se supone que Jesús ascendió al cielo sin dejar rastro.

Sharon informa a Mendel Hirsch de su descubrimiento. Hirsch es el Ministro de Asuntos Religiosos para Israel. Hirsch sabe que ésto producirá un gran impacto en el mundo Cristiano, al saberse que Jesús no resucitó. El no dice nada a nadie, y contacta con el Vaticano.

Las autoridades católicas comienzan una investigación internacional para encontrar un hombre fiable y devoto para este trabajo. Eligen al Padre Matt Gutiérrez (Antonio Banderas), un Jesuita, profesor de Historia. Gutiérrez no desea este trabajo, pero el Papa mismo, le convence, diciéndole que encuentre sólamente la verdad.

Mientras tanto, la secreta operación ha sido captada por un joven líder Palestino terrorista Abu Silwan. Abu envía un joven palestino Zareh Tabinian, un comerciante de artefactos robados, para investigar. A Sharon le disgusta el secretismo del proyecto, pero en seguida se hace amiga de Matt.